Il culto di S.Pancrazio è presente nel nostro territorio fin d’epoca antichissima, si ha infatti notizia di una chiesa di «S.Pancrazio vecchio» costruita ad una distanza di 1000 piedi dalla attuale, nell’anno 744 dopo  Cristo. La Chiesa detta "nuova" negli antichi documenti venne costruita con molta probabilità nel corso del sec.XVI°, quando il nuovo centro di Prata Superiore comincia ad estendersi fuori dalle mura dell'antico borgo, ha una facciata con sviluppo verticale considerevole e presenta numerose modifiche avvenute nel tempo; il portale di accesso in pietra lavorata reca in alto un’edicola avente ai lati le immagini di due soli sfolgoranti (potrebbero essere simboli dei cavalieri Templari custodi del Santo Sepolcro), più in alto si intravedono i segni di una meridiana abolita in seguito da una finestra e da un rosone  in tufo nero  costruito durante i lavori che a varie riprese modificarono la chiesa portandola allo stato attuale. Sono inoltre presenti materiali riutilizzati, molto più antichi della chiesa stessa come il portale laterale di epoca longobarda raffigurante Cristo, arricchito con motivi geometrici e floreali, e le tre teste di leone poste nella parte alta della facciata.

Gli interventi di ristrutturazione iniziarono nel 1713 con la costruzione del campanile (prima le campane si trovavano sotto tre archi all’estremità della facciata principale), proseguirono nel 1750 con l’innalzamento della navata e la costruzione del transetto con cupola centrale; nel 1756 la navata fu arricchita di stucchi ancora oggi conservati; nel 1779 infine fu ordinata e messa in opera la pavimentazione in maiolica napoletana opera del Maestro Giovanni Nasta di Napoli, asportata in seguito alla sostituzione recente e recuperata per la parte ancora conservata, dai soci del Gruppo Archeologico Prata Sannita che sotto la giuda di restauratori autorizzati dalla Soprintendenza competente , hanno provveduto alla pulizia ed al restauro della stessa. Con l'ultimo restauro resosi necessario per i danni subiti dal sisma del 1980, l'intera copertura è stata rifatta, all'interno dopo un notevole lavoro di bonifica per eliminare l'umidità è stata ripristinata la pavimentazione ad opera dell'artigiano pratese Santillo Martinelli (socio G.A.P.S.) riproducendo gli antichi disegni del Nasta, l'altare maggiore è stato riportato al suo aspetto originario e le antiche tele dipinte che anticamente erano poste sugli altari lungo la navata sono state restaurate.